Paperino è il Mago di Corte del Castello Disney, molto abile con le magie, ha un carattere irascibile e spesso impaziente e cocciuto, ma in fondo ha un cuore d'oro.
Una mattina entra nella sala del trono per augurare il buon giorno al Re Topolino, ma scopre che il sovrano è scomparso e trova solo una lettera in cui questi gli dice di recarsi alla Città di Mezzo e di parlare con un uomo di nome Leon, per poi andare alla ricerca di una "chiave". Giunto nella Città insieme a Pippo, incontra Sora, con il quale instaura un'alleanza alla ricerca di Riku, Kairi e del Re. Anche nel gioco, Paperino è fidanzato con Paperina.
Litiga più volte con Sora e, quando vede che il Keyblade è andato nelle mani di Riku, lo segue abbandonando a malincuore Sora, salvo poi redimersi poco dopo aiutandolo contro il nemico.
Usa le stesse magie di Sora, è il solo che gli permette di effettuare la Fusione Giudizio e alcuni limiti e Trio. Trasformazioni:
* Mezzo Polipo (Atlantica e nella Prigione dei Mondi)
* Mummia (La Città di Halloween e nella Prigione dei Mondi)
* Retro (Il Fiume senza Tempo)
* Pupazzo di neve (Città del Natale, solo Final Mix+)
* Data (Space Paranoids)
* Uccello tropicale (Le Terre del Branco)
